Berdasarkan berbagai penelitian lingkungan, terdapat sebuah fakta yang sangat mengkhawatirkan mengenai kualitas air di sini. Adanya kandungan merkuri yang melampaui ambang batas normal telah ditemukan di beberapa titik aliran sungai. Merkuri atau raksa ini bukanlah unsur yang muncul secara alami dalam jumlah besar, melainkan dampak langsung dari aktivitas pertambangan emas tanpa izin (PETI) yang marak di wilayah hulu. Penggunaan bahan kimia berbahaya dalam proses pemisahan emas membuat residu logam berat langsung terbuang ke aliran Sungai Batanghari, menciptakan polusi yang sulit untuk diurai secara alami.
Dampak dari pencemaran logam berat ini tidak hanya berhenti pada air yang tidak layak konsumsi, tetapi juga mengancam nasib ikan dan biota sungai lainnya. Ikan-ikan endemik yang dahulu melimpah, seperti ikan baung, belida, dan patin sungai, kini populasinya terus merosot tajam. Merkuri memiliki sifat bioakumulasi, yang berarti logam berat ini masuk ke dalam tubuh ikan melalui rantai makanan dan menetap di jaringan daging mereka. Hal ini menciptakan dilema kesehatan bagi masyarakat yang menggantungkan asupan protein mereka dari hasil tangkapan sungai, karena mengonsumsi ikan yang tercemar dapat menyebabkan kerusakan saraf jangka panjang.
Selain masalah kimiawi, sedimentasi yang sangat tinggi akibat pembukaan lahan di sepanjang bantaran sungai memperparah kondisi ini. Air yang keruh menghalangi masuknya sinar matahari, yang pada gilirannya menghambat proses fotosintesis tumbuhan air dan menurunkan kadar oksigen terlarut. Dalam kondisi lingkungan yang semakin ekstrem, ikan-ikan kecil sulit untuk bertahan hidup, yang kemudian mengganggu seluruh siklus ekosistem. Jika kondisi ini terus dibiarkan tanpa adanya penegakan hukum yang tegas di area hulu, maka kejayaan perikanan air tawar di wilayah ini hanya akan menjadi cerita masa lalu bagi generasi mendatang.
Upaya restorasi sungai ini membutuhkan kandungan merkuri yang tidak sederhana. Penanganan masalah di hilir tidak akan pernah efektif jika sumber pencemaran di hulu tidak segera dihentikan. Edukasi kepada masyarakat mengenai bahaya merkuri harus dilakukan secara masif, mengingat dampak kesehatannya yang bersifat permanen dan dapat menurun ke generasi berikutnya melalui kelahiran cacat. Di sisi lain, pemerintah perlu memberikan solusi ekonomi alternatif bagi warga yang selama ini bergantung pada tambang ilegal agar mereka mau beralih ke sektor yang lebih ramah lingkungan.